Varnæs kirke er fra ca. år 1150, hvorfra også Alterbord og døbefond stammer. Man ved ikke hvem der har skåret altertavlen. Altertavlen er fra slutningen af middelalderen (ca. år 1475).
Kirken har sandsynligvis været indviet til Sct. Peder, som er afbildet i kirkens segl.
Flere sagn er knyttet til kirken. Bl.a. skulle kirkens grundvold være flyttet fra kirkebjerg.
Et andet nævner junker Viggo fra Varnæs vold som bygherre, hvis hoved skulle være afbildet øverst i korgavlen i granit. Han skulle sammen med sin elskede, være begravet under en gammel løn. I stammen var en hulning, hvori der tidligere altid fandtes frisk vand, der blev betragtet som helbredende. Træet er ikke mere.
Disken her menes at være fra ca. 1600. Til nadver bruges en disk til at præsentere oblaterne.
Fondehimlen er fra år 1632.
Prædikestolen er træskærerarbejde i renæssancestil. I år 1691, ”sørgede Peder Fabricius, Præst i Varnæs, for prædikestolen på hans regning”.
Alterkalken er Sen-gotisk sølvarbejde, nok fra det 16. århundrede. Bægeret og skaftets øverste del er fra nyere tid.
Oblat-æsken er prydet med Ahlefeldternes våben. Årstallet 1702 er indgraveret.
Klokkehuset er middelalderligt, men omtalt første gang i år 1704.
Konstruktionen skiller sig ud fra egnens øvrige, ved sin mangel på midtstolpen.
Der er 2 klokker:
En fra år 1690, ”Fabricius gjorde mig” og en fra år 1794, støbt i Egernförde, taget af tyskerne i krigen 1914-1918. Et ”Halsjern” og kæden til et andet, hænger på to af klokkehusets hjørner.
De 4 alterstager har gotiske profiler, så de er nok fra denne tid.
Røgelseskarret blev sidst brugt i år 1864.
Dette er et nøddåbsfad. Fadet har ingen datering. Et nøddåbsfad kan bruges til en nøddåb eller en hjemmedåb. Nøddåb og hjemmedåb er dåbsritualer foretaget andre steder end i kirken.
Orglet er fra 1892, af Marcussen og søn. Det blev udbygget i 1993 med 1 oktav 8 og sub-bas 16.
Altertæppet og alterdugene i Varnæs Kirke er lavet af den nulevende væver Hanne Vedel.
Altertæppet er fra 1978.
Alterdugene er fra 1985.